Dieses im 12./13. Jh. errichtete und somit älteste erhaltene sakrale Bauwerk der Stadt gilt als eines der markantesten Mödlinger Wahrzeichen.

Der Karner, ein Beinhaus mit Kapelle, ist wahrscheinlich eine Stiftung der Babenberger, möglicherweise Herzog Heinrichs des Älteren von Mödling, gestorben 1223, oder Heinrichs des Jüngeren, gestorben 1236. Aus der Bauzeit sind keine schriftlichen Unterlagen bekannt. Die erste urkundliche Erwähnung des Karners fällt in das Jahr 1345. In dem von der Südseite zugänglichen, mit einem eisernen Gittertor verschlossenen Kellergewölbe wurden im Mittelalter die exhumierten Gebeine der aufgelassenen Gräber des damaligen Friedhofes um die Kirche St. Othmar gelagert. Die Kapelle im Karner war vermutlich  von Beginn an dem hl. Pantaleon geweiht, der in der  Liturgie der Ostkirche als Fürsprecher für die Vergebung der Sünden gilt, was auch einen Bezug zum Beinhaus und zum ehemaligen Friedhof herstellen würde.
Die Außenwand ist durch Halbsäulen, sogenannte Lisenen, in etwa gleich große Felder geteilt. Bis in etwa acht Meter Höhe reicht die untere, ältere Bauschicht, während der darüber liegende Teil mit großer Wahrscheinlichkeit aus der Phase des Wiederaufbaus nach der Verheerung des Ortes durch die Ungarn im Jahr 1252 stammt. Aus dieser Bauperiode stammt auch das eindrucksvolle Portal des Karners. Über dem Rundbogen des Tores ist in der Außenmauer unterhalb der Loggia ein Relief eingelassen, das eine Jagdszene zeigt. Die vierbogige Loggia darüber ist vermutlich ebenfalls in die Bauphase um die Mitte des 13. Jh. anzusetzen  es handelte sich wahrscheinlich um ein Lichthäuschen, in das Lichter für die Toten gestellt wurden.

Bei den Wiederherstellungsarbeiten nach dem Türkenjahr 1683 entstand 1690 - 1698 der heutige Glockenturm mit barockem Doppelzwiebeldach aus Holzschindeln. Von hier aus ertönen seither die Glocken der Pfarrkirche St. Othmar.

Betritt man das Innere des Bauwerkes, so befindet man sich in einem kreisrunden Raum mit einem Durchmesser von 7,90 Metern. Im Untergeschoß des Karners kam es 1683 zu einem furchtbaren Massaker an den vor den Osmanen hierher geflüchteten Mödlingern. Danach war der Karner fast zweihundert Jahre lang zugemauert, er wurde erst 1884 wieder geöffnet und in den folgenden Jahrzehnten restauriert. Der Innenraum des Karners wird vom Fresko der Apsis beherrscht. Es handelt sich um die Darstellung einer Anbetung der thronenden Muttergottes mit dem Jesuskind durch die Heiligen Drei Könige. Die kunsthistorische Analyse weist mit großer Wahrscheinlichkeit auf eine Entstehungszeit Mitte des 13. Jh. hin. Rechts vom Triumphbogen befindet sich ein Fresko mit der Darstellung der Kreuzigung Christi, das vermutlich erst im 14. Jh. entstanden ist. Das links vom Triumphbogen befindliche dritte Fresko des Karners ist ein Fragment einer Darstellung des Jüngsten Gerichts.

Im Jahr 1995 stiftete die Stadtgemeinde Mödling für den Karner einen Volksaltar, den der Mödlinger Designer Michael Weese gestaltete.  Mit der Neugestaltung des Kirchenplatzes 2007 erfolgte die Anlage eines Labyrinthes, das in der Anordnung der Wendepunkte ein Kreuz erkennen lässt und ein Abbild des Pilgerweges, den wir auf Erden gehen, symbolisiert.

Besichtigung nach Voranmeldung in der Pfarrkanzlei